29 mayıs 1969 yılında açılan ve Haydarpaşa ile Gebze arasında hizmet veren banliyö tren hattının Pendik-Gebze arası 29 Nisan 2012’de, Kazlıçeşme-Halkalı arası 1 Mart 2013’de, Haydarpaşa-Pendik arasındaki bölüm 19 Haziran 2013’de yapılan son seferlerin ardından kapatılmıştı. Ankara-İstanbul Yüksek Hızlı Tren (YHT) projesi ve Marmaray’la entegre olarak çalışması planlanan hattaki yenilenme çalışmaları nedeniyle, raylar sökülmüş, pek çoğu tarihi eser statüsünde bulunan istasyonların da yenilenmesine karar verilmişti.
2015’te tamamlanması planlanan bakım ve yenileme çalışmaları yapımı üstlenen firma tarafından maliyetlerdeki aşırı artış gerekçe gösterilerek 2014 yılının Ekim ayında durdurulmuş ve daha sonra sağlanan anlaşmalarla birlikte yeniden 2015 yılı içinde başlatılmıştı.
Yaklaşık 70 ay süren çalışmalarla birlikte Gebze ile Halkalı arasında Marmaray üzerinde ulaşımı sağlayacak şekilde işlerin tamamlanmasının yanı sıra aynı hattın yanında ayrıca hızlı tren seferlerinin yapılacağı bir demiryolu hattı daha eklendi.
Sinyalizasyonla birlikte tüm çalışmaların tamamlandığı Gebze-Halkalı banliyö hattı, 12 mart 2019 tarihinde gerçekleştirilen törenle Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından halkın hizmetine sunuldu.
Cumhurbaşkanı Erdoğan törende yaptığı konuşmasının bir bölümünde “Bu hatla birlikte İstanbul’un 170 kilometre olan raylı sistem uzunluğunu, 63 kilometre ilaveyle 233 kilometreye çıkarmış oluyoruz.” dedi.
İki ana durak arasındaki 43 istasyondan oluşacak 76.6 kilometrelik yolu 115 dakikada tamamlayacak hattın günde 1.7 milyon yolcu taşıması bekleniyor.
