Ilısu Baraj projesi, 1993'te yürürlüğe giren ÇED yönetmeliğinden önce yatırım programına alındığı gerekçesiyle ÇED'den muaf tutularak inşa edilmeye başlanmıştı. 2011’de Çevre Mühendisleri Odası'nın ÇED Yönetmeliğinin muafiyetleri düzenleyen geçici 3. Maddesi ile ilgili itirazı Danıştay tarafından kabul edilmişti.
Barajın Türkiye’nin önemli doğal ve kültürel alanlarından birisi olan Dicle Vadisi ve tarihi Hasankeyf’i sular altında bırakacak olması nedeniyle ÇED yönetmeliğine uygun olarak inşa edilemeyeceğinin farkında olan Çevre ve Orman Bakanlığı, 14 Nisan 2011 tarihinde ÇED Yönetmeliğini yeniden düzenleyerek Ilısu baraj projesini tekrar ÇED muafiyeti kapsamına aldı. Bakanlığın ardından Başbakanlık da 4 Nisan 2012 tarihli Resmi Gazete’de yayınlanan 2012/10 sayılı genelgesi ile Ilısu baraj projesinin gerçekleşmesi için malzeme ocakları, bağlantı yolları, enerji nakil hatları gibi projenin inşaatı için gerekli tüm altyapı ve üstyapı inşaatlarının da ÇED'den muaf tutulmasına karar verdi.
Bunun üzerine, TMMOB Mimarlar Odası ve Peyzaj Mimarları Odası geçtiğimiz Mayıs ayında yeni bir dava açarak Başbakanlığın Ilısu barajı ve HES projesine ilişkin bu genelgesinin 7. maddesinin iptal edilmesi ve öncelikle yürütmeyi durdurma kararı alınmasını talep etti. Danıştay 14. Dairesi, davacı Odaları haklı bularak Ilısu Baraj projesine ÇED zorunluluğu getirilmesi ve yürütmenin durdurulması kararı aldı. Karar, davacı odalara 7 Ocak 2013 tarihinde tebliğ edildi.
Davacılardan Peyzaj Mimarları Odası’nın Avukatı Emre Baturay Altınok konuyla ilgili olarak “Büyük bir çevresel ve kültürel bir yıkıma sebep olacak Ilısu barajı projesinin cevre etki değerlendirmesi sürecinden geçmeden ve olumlu ÇED kararı alınmadan inşa edilemeyeceğinin Danıştay tarafından karara bağlanmış olması son derece önemli. Bu kararla, sadece altyapı ve üst yapı tesisleri değil aynı zamanda enerji nakil hatlarının da ÇED'i olmadan projenin yürümeyeceği açığa çıkmıştır. Yürütmeyi durdurma kararının Çevre ve Şehircilik ile Orman ve Su İşleri Bakanlıkları tarafından ivedilikle uygulanması için girişimlerde bulunacağız. ” dedi.
Türkiye’nin üstünde baraj bulunmayan son doğal nehri Dicle ile 12 bin yıllık Hasankeyf'i tehdit eden Ilısu baraj projesinin ulusal ve uluslararası kanunlar ve sözleşmelere tamamen aykırı olduğunu vurgulayan Doğa Derneği Genel Müdürü Engin Yılmaz ise şöyle konuştu: “UNESCO Dünya Kültür Mirası kriterlerinin onda dokuzunu sağlayan dünyadaki tek yer olan Hasankeyf ve Dicle Vadisi'nin korunmasının önündeki en büyük engel olan Ilısu baraj projesinin bir an önce iptal edilmesini bekliyoruz.”